Roma, 1516. Nella vita di Leonardo da Vinci c'è una donna, affascinante e misteriosa. Una donna con un dono speciale che, insieme alla sua bellezza, suscita le brame di uomini potenti. Leonardo fa di tutto per proteggerla e spera di riuscire presto a portarla con sé in Francia. Una notte, nei pressi di Castel Sant'Angelo, è testimone involontario di un omicidio. Sulle prime sembrerebbe un caso di ordinaria criminalità, ma qualcosa di oscuro si sta invece muovendo nell'ombra: un antico segreto è stato violato e un oggetto molto prezioso è stato rubato da un monastero. Leonardo è chiamato dal cardinale Bernardo Dovizi da Bibbiena a indagare sull'accaduto, per rintracciare gli artefici del furto: ma più scava in quel mistero, più si convince che c'è un collegamento tra i furti e l'omicidio cui ha assistito. Eventi terribili stanno per abbattersi su Roma e la donna che ama potrebbe essere in serio pericolo. Ha così inizio, per Leonardo, una corsa contro il tempo tra tetre sale anatomiche, meandri di antichi monasteri e misteri biblici. Riuscirà a scongiurare la minaccia che incombe sulla Città Eterna e sulla donna che ama?